Le Centre Régional Méditerranéen pour l’Intervention d’Urgence contre la Pollution Marine Accidentelle (REMPEC) soutient les états côtiers méditerranéens à ratifier, transposer, mettre en œuvre et appliquer les conventions internationales relatives à la prévention, la réduction et la surveillance de la pollution du milieu marin provenant des navires.
 
Le REMPEC est l’un des Centres d’Activités Régionales du Plan d’Action pour la Méditerranée (PNUE/PAM) et est administré par l’Organisation maritime internationale (OMI). Le Centre est hébergé par le gouvernement de Malte.

La Commission Internationale pour l’Exploration Scientifique de la mer Méditerranée (CIESM) est une organisation intergouvernementale qui soutient la recherche multilatérale en Méditerranée et en mer Noire depuis 1910, date de sa conception. La Commission représente un forum unique pour l’échange scientifique et le dialogue, réunissant des milliers de chercheurs qui, ensemble, utilisent les technologies et approches les plus récentes pour comprendre, surveiller et protéger une mer très exposée. La CIESM est ainsi en mesure de défendre les priorités du Bassin en matière de recherche marine et environnementale avec la plus grande impartialité, renforcée par l’appui politique de ses 23 Pays Membres.

La Commission couvre un champ étendu de disciplines marines grâce à son vaste réseau expert tissé depuis près d'un siècle : plus de 5 000 chercheurs marins basés dans quelques 500 instituts de recherche situés dans une cinquantaine de pays (y compris outre Atlantique). Cette expertise exceptionnelle est structurée en six comités – Géosciences Marines, Physique et Climat des Océans, Bio-géochimie Marine, Microbiologie et Biotechnologie Marines, Ressources Vivantes et Écosystèmes Marins, Politique Marine et Écosystèmes Côtiers – qui coiffent les domaines de recherche les plus récents et présentent leurs recommandations sous forme de rapports, atlas, SIGs, livres blancs - chacun marqué du sceau de l'indépendance.

La Conférence des régions périphériques maritimes (CRPM) veut promouvoir les intérêts et besoins particuliers des régions littorales, notamment auprès des institutions européennes, mais aussi des États. Elles développent des programmes de coopération sur des projets concrets pour valoriser leurs atouts. Plus de 150 régions européennes littorales, au sein de 26 pays se sont associées pour former la Conférence des régions périphériques maritimes d'Europe (CRPM). Ces régions souvent touristiques très peuplées et/ou industrialisées abritent environ 170 millions d'habitants. Elles sont confrontées à des problèmes particuliers (tourisme littoral, surexploitation des océans, montée du niveau des mers, fonctionnement des ports, risques de pollution maritime, sécurité maritime, etc.). La Conférence pour faciliter son travail a décidé de travailler en « commissions géographiques » qui sont les suivantes : Arc Atlantique, Balkans / mer Noire, Îles, Interméditerranéennes, Mer Baltique et Mer du Nord.

L'Institut français de recherche pour l'exploitation de la mer (Ifremer ou IFREMER) est un établissement public français à caractère industriel et commercial sous la tutelle du ministère de l'Écologie, du Développement durable et de l'Énergie et du ministère de l’Agriculture, de l'Agroalimentaire et de la Forêt.
Les missions d’Ifremer sont les suivantes :

• Connaître, évaluer et mettre en valeur les ressources des océans et permettre leur exploitation durable.
• Améliorer les méthodes de surveillance, de prévision, d'évolution, de protection et de mise en valeur du milieu marin et côtier.
• Favoriser le développement économique du monde maritime.

En collaboration avec les universités du littoral, les principaux organismes de recherche français, (CNRS, IRD, INRA) et l'Union européenne (DG Recherche, DG Pêche, DG Environnement), l'Ifremer participe à la stratégie nationale pour la mer et les océans. L'Ifremer est en lice sur la première priorité de cette stratégie, appelée "investir dans l'avenir", qui suppose de "mieux connaitre pour mieux gérer".

Fondé en 1997, l’Institut Supérieur d’Economie Maritime (ISEMAR), est une association loi de 1901, qui se présente comme un centre de recherche, d’expertise et d’information pour tout ce qui concerne l’économie du transport maritime.
L’ISEMAR publie mensuellement une Note de Synthèse, qui est une petite étude synthétique sur un sujet concernant un des enjeux de l’économie du transport maritime. L’ISEMAR publie également, de manière périodique, des cartes permettant d’illustrer, sous un aspect différent, des éléments de l’économie des transports maritimes (ports, routes, chantiers navals, etc.).

Le sanctuaire Pelagos est un espace maritime de 87 500 km² faisant l’objet d’un accord entre l’Italie, Monaco et la France pour la protection des mammifères marins qui le fréquentent.
 
Il héberge un capital biologique de haute valeur patrimoniale par la présence de nombreuses espèces de cétacés, particulièrement nombreux dans ce périmètre en période estivale. Il s’agit aussi d’un espace réservé à la concertation, pour que les nombreuses activités humaines déjà présentes puissent s’y développer en harmonie avec le milieu naturel qui les entoure sans compromettre la survie des espèces présentes et la qualité de leurs habitats.
 
Le sanctuaire est classé en aire spécialement protégée d’importance méditerranéenne (ASPIM). Ces nouvelles aires protégées ne disposent pas encore de moyens propres, ni de réglementation particulière. En revanche, le sanctuaire Pelagos sert de plate-forme pour des expérimentations qui peuvent être utiles aux aires marines protégées classiques.

Labellisé en juillet 2005, Pôle de compétitivité à vocation mondiale avec son jumeau le Pôle Mer Bretagne et Pôle Régional d'Innovation et de Développement Economique Solidaire (PRIDES) en 2007, le Pôle PRIDES Mer Méditerranée a pour ambition de développer durablement l'économie maritime et littorale sur le bassin méditerranéen, en Europe et dans le reste du monde.
En Provence-Alpes-Côte d'Azur, Languedoc Roussillon et Corse, le Pôle fédère autour de thématiques maritimes et littorales à forts enjeux sécuritaires et durables les acteurs scientifiques et économiques.

L'objectif du réseau MedPAN est d'améliorer l'efficacité de gestion des Aires Marines Protégées en Méditerranée. Il regroupe à ce jour plus de 50 membres, principalement des organismes de gestion d'Aires Marines Protégées de tout le bassin méditerranéen, et 27 partenaires désireux de contribuer à la création et au renforcement du réseau. Ces acteurs gèrent plus de 80 Aires Marines Protégées dans 18 pays méditerranéens. Le réseau existe depuis 1990. Il est animé depuis 2010 par l'association MedPAN, une structure pérenne avec des financements propres créée à la fin 2008.